Des élections anticipées sont prévues pour le 13 juin 2010, quelques semaines avant que la Belgique prenne pour six mois la présidence du Conseil de l’Union. De plus, l’augmentation du capital de 10 millions d’euros annoncée par les propriétaires du club, Jogo Bonito, aurait bien été fait en août 2021, lors de la reprise, et non pas en juin 2022, comme l’annonce la DNCG. Les bons résultats engrangés par Coton Sport en compétitions domestiques, à savoir le championnat, la Coupe du Cameroun et en coupes d’Afrique, ont défriché le terrain de cette notoriété.
Malgré le titre honorifique de champion d’automne lors de la saison 2008-2009, les résultats ne sont pas satisfaisants : Lyon est défait en Ligue des champions par le futur vainqueur, le FC Barcelone, et ne parvient pas à suivre le rythme de Bordeaux en championnat, qui le dépasse. C’est donc en tant que tenant du titre que le Séville FC aborde la Ligue Europa suivante, 2014-2015. En cette occasion, il doit se débarrasser du Zenit Saint-Pétersbourg en quarts et de l’AC Fiorentina en demi-finales.
Bien que l’OL ait été tête de série lors du tirage au sort (en raison de son fort coefficient UEFA), les Espagnols battent Lyon qui est donc reversé en phase de poules de la Ligue Europa. Girondins de Bordeaux de la Ligue des champions. La saison 2012-2013 commence avec un nouveau titre : Lyon obtient son 7e Trophée des Champions aux dépens de Montpellier, tandis que des joueurs importants quittent l’effectif (Cris, Hugo Lloris, Kim Källström, Aly Cissokho) dans l’optique de baisser la masse salariale. Cependant lors de la 36e journée de Ligue 1, l’OL perd pratiquement tout espoir de titre en s’inclinant lourdement à Caen (3-0). Le club accroche toutefois la deuxième place qui lui permet de retrouver la Ligue des Champions.
Le club est éliminé en 8e de finale de la Ligue des champions par le Real Madrid et malgré une fin de saison plutôt difficile, termine troisième du championnat en devançant le Paris SG et obtient donc une qualification pour le tour préliminaire de la Ligue des champions. Pourtant, depuis la fin de l’année 2006, Lyon a marqué le pas dans la hiérarchie européenne. Mais la campagne européenne se termine avec une élimination aux tirs au but en huitièmes de finale face à la modeste équipe chypriote de l’APOEL Nicosie.
Également éliminée de façon précoce dans les deux coupes nationales (défaite 3-2 à Nantes en 16es de finale de la Coupe de France, et défaite aux tirs au but face à Monaco en huitièmes de finale de la Coupe de la Ligue), l’équipe redresse toutefois la barre en championnat, se maintenant à la première place du classement pendant une grande partie de la phase retour. Lyon bat le record de la meilleure entame de saison avec seize victoires, deux nuls pour une défaite. Afin de donner plus d’homogénéité à la tribune les deux groupes ont fusionné.
Le club perd l’une de ces deux finales, celle de la Coupe de la Ligue, au profit de l’Olympique de Marseille (0-1) avant de remporter la suivante, en Coupe de France, deux semaines plus tard, face à l’US Quevilly (1-0). L’Olympique lyonnais décroche ainsi son premier titre depuis la saison 2007-2008. En championnat, le club termine finalement à la 4e place et ne se qualifie pas en Ligue des champions (pour la première fois depuis 11 ans) mais en Ligue Europa.
DÉCRYPTAGE – Les deux jeunes attaquants les plus courtisés du monde ont rejoint des clubs-Etats. La saison 2003-2004 voit l’Olympique lyonnais de Paul Le Guen proposer un jeu plus offensif, qui permet à l’équipe de remporter un troisième titre d’affilée à l’issue d’un duel serré avec l’AS Monaco, en tête de la 7e à la 31e journée. Pendant toute l’ère Puel, Lyon sera resté cantonné aux places d’honneur sans jamais obtenir de titre. Lisandro López, Aly Cissokho, Michel Bastos et Bafétimbi Gomis, avec l’objectif de reconquérir le titre lors de la saison suivante.
Cette saison marque globalement la nette progression des joueurs lyonnais formés au club. Pour la saison 2010-2011, plusieurs joueurs quittent Lyon, tandis que seuls Jimmy Briand, puis Yoann Gourcuff pour 22 millions d’euros sont recrutés. OL a obtenu lors de la saison 2006-2007 le meilleur score ELO jamais atteint en championnat de France. Cette saison, Alexandre Lacazette est élu meilleur joueur du championnat, Nabil Fekir meilleur espoir. Le 9 janvier 2016, l’Olympique lyonnais a inauguré son nouveau stade (Parc Olympique lyonnais) à l’occasion d’un match contre l’ESTAC en s’imposant 4 buts à 1. Alexandre Lacazette devient le premier buteur du nouveau stade.